La Moldavia confina a ovest con la Romania e a sud, est e nord con l'Ucraina . Si estende per circa 33.800 km2 su una striscia di territorio ampia circa 150 km in direzione est-ovest e lunga circa 350 km in direzione nord-sud. Il territorio del paese coincide grossomodo con la regione della Bessarabia, un'area pianeggiante compresa fra il fiume Prut e il Nistru. La pianura è intervallata da alcuni gruppi di colline che difficilmente superano i 400 m s.l.m. e che rappresentano l'estremo sud-ovest della piattaforma sarmatica verso la quale digradano i Carpazi

A settentrione si trova un'area pianeggiante ondulata da modeste colline (non oltre i 300 m s.l.m.) e ricoperta in parte da foreste ma in gran parte dedicata alla coltivazione dei cereali. Nella parte centrale del paese ci sono colline più rilevanti e ricoperte da foreste, qui si trova il punto di massima elevazione a 429,5 m s.l.m. a nord ovest della capitale.

I due fiumi più importanti sono il Prut, che costituisce la frontiera occidentale, e il Nistru che delimita una stretta fascia lungo la frontiera orientale. Il territorio si abbassa lievemente muovendosi verso sud motivo per cui gran parte dei corsi d'acqua minori scorrono direttamente in direzione del Mar Nero senza affluire nei due fiumi principali.